对于已经通过ISO9001认证的公司，在推行流程管理过程中经常会有这样的困惑：公司按照ISO9000认证体系的程序文件运行，如果再写一套流程文件，究竟应该执行哪套文件呢?如何将流程梳理和优化出来的流程文件与公司的程序文件**结合避免管理“两张皮”的现象?要回答这些问题，首先需要清楚关于“过程或流程”的两个概念。在ISO9001认证标准中，过程的定义是：“一组将输入转化为输出的相互关联或相互作用的活动”;而流程管理中的流程的定义是：“业务流程是把一个或多个输入转化为对顾客有价值的输出的活动(迈克尔·哈默)” 。

关注顾客和价值是流程管理与ISO9001认证的较大区别。除此之外，二者还有以下区别：

1、ISO9001认证强调以客户为中心，重点在于产品质量的控制;而流程管理强调“价值导向”，重点在于为客户带来价值。它在保证工作质量的同时，选择较佳的工作方法，以提高工作效率，更好的服务于客户。

2、ISO9001认证重在“规范化”，ISO9000质量管理体系的PDCA反映了企业质量活动的持续改进。流程管理却给持续改进提供了方向和手段，通过岗位职责的设置、绩效指标的落实和管理制度的规范，为顾客“增加价值”。通过关注企业现有的关键流程，从“计划、部门、岗位、制度、绩效、报表、IT”七个方面进行流程优化。

3、ISO9001认证强调体系化运作，确保产品质量可追溯、可测量、可控制。而流程管理擅长的是解决跨部门、跨岗位之间的协作。

4、ISO9001认证并没有提供特定的实施方法和途径，而流程管理却有着一套完整的方法、技术和工具。

5、ISO9001认证要求一般由客户提出，或是为了打破出口贸易壁垒而运行的。它是一个符合性的体系，必须通过具有资质的第三方认证，才能取得证书。

而推行流程管理是公司自己内部管理的需要，通过推行流程管理，打破公司各部门之间的“沟通墙”，规范岗位操作和流程，从而达到“按正确的方法做正确的事”这一目的。因为ISO9001认证是质量管理体系，对跟产品质量相关的流程中的环节，提出了质量保证的要求。对人力资源管理方面，ISO9001认证只对员工的培训提出要求，而流程管理却对人力资源的各模块如招聘、绩效考核、员工关系等都有要求。公司高层还关注战略、客户、市场营销、供应链、财务风险、人力资源、部门协作等，这些并没有包涵在ISO9001认证标准中。所以说，按ISO9001认证标准建立的文件不等于公司的全部文件体系。ISO9001认证，为企业创造了规范化和持续改进的环境。通过业务流程框架的规划和架构，涵盖质量管理体系中对产品/服务质量的要求，从而实现流程体系与ISO9001程序文件合理的补充和有效整合。通过流程绩效和IT设置，确保流程落到实处，避免管理“两层皮”。